Начало игры напрямую связано с тем, выполнял ли игрок DLC на Альфа релэе или нет.
Если выполнял, то игра начинается с того, что Шепард на Нормандии стыкуется с Цитаделью и может выбрать, куда лететь дальше. Варианты миссий:
1. Для Грюнта - ему надо на Тучанку
2. Для Тали - ей надо присоединиться к флоту, у них там какая-то заворушка
3. Для Гарруса - его зовут на Палавен
4. Игроку дают выбрать, кого оставить на корабле. Допустим, можно оставить только пятерых. Все остальные в зависимости от того, какая команда, или остаются на Цитадели или присоединяются к Шепарду.
Очевидно, что погибшие в невыполнимой миссии члены отряда ни при каком раскладе нигде не появляются.
Если же не выполнял, то игра всё равно начинается на Цитадели, однако в этом случае никаких миссий выполнять времени нет, герои разбегаются кто куда самостоятельно.
В любом случае на Нормандии остаются все апгрейды.
Таким образом в команде остаются свободные места для тех, кого игрок потом подбирает или в Альянсе, или на базе Цербера.
Говоря об этом, я имею в виду, что с самого начала игроку даётся возможность продолжить игру по красной - за Цербера - или по синей - за Альянс - веткам. (хотя с цветом не уверен )
Далее, если база Коллекционеров уничтожена, то за Цербера играть будет сложнее, но проще за Альянс, и наоборот.